原核生物：細菌分類（門和目） 革蘭氏陰性菌/ 細菌外膜 陸地菌 (伯杰氏系統細菌學手冊) 初細菌 異常球菌-棲熱菌門 (異常球菌目, 棲熱菌目) · 綠彎菌門 (厭氧繩菌目, 暖繩菌目, 綠彎菌目, 爬管菌目, 纖線桿菌目, 熱絲孢菌目, 熱微菌目, 球形桿菌目) 其他 滑行菌 熱脫硫桿菌門 · 嗜熱細菌 (產水菌門 · 熱袍菌門) · 藍菌門 變形菌門 (伯杰氏系統細菌學手冊) α-變形菌綱 柄桿菌目 · 基爾菌目 · 韓海研所菌目 · 短小盒菌目 · 根瘤菌目 · 紅桿菌目 · 紅螺菌目 · 立克次氏體目 · 史尼斯氏菌目 · 鞘脂單胞菌目 β-變形菌綱 伯克氏菌目 · 嗜氫菌目 · 嗜甲基菌目 · 奈瑟菌目 · 亞硝化單胞菌目 · 普羅卡桿菌目 · 紅環菌目 γ-變形菌綱 酸硫桿狀菌目 · 氣單胞菌目  · 交替單胞菌目 · 心桿菌目 · 著色菌目 · 腸桿菌目 · 軍團菌目 · 甲基球菌目 · 海洋螺菌目 · 巴斯德氏菌目 · 假單胞菌目 · 咸水球形菌目 · 硫發菌目 · 弧菌目 · 黃色單胞菌目 δ-變形菌綱 蛭弧菌目 · 脫硫盒菌目 · 脫硫桿菌目 · 脫硫弧菌目 · 硫還原菌目 · 除硫單胞菌目 · 黏球菌目 · 互營桿菌目 ε-變形菌綱 彎曲菌目 · 鸚鵡螺菌目 伯杰氏系統細菌學手冊 螺旋體門 螺旋體綱 鞘脂桿菌超門 (FCB組) 纖維桿菌門 · 綠菌門(綠菌目, 慢桿菌目) · 擬桿菌門 (擬桿菌目, 碳酸噬胞菌目, 黃桿菌目, 鞘脂桿菌目) 浮霉菌超門/ (PVC組) 衣原體門 · 黏膠球形菌門 (黏膠球形菌目, 食物谷菌目) · 浮霉菌門 (藻球菌目, 浮霉狀菌目) · 疣微菌門 (紫紅球菌目, 豐佑菌目, 土壤桿菌目, 疣微菌目) 其他革蘭氏陰性菌 酸桿菌門 · 裝甲菌門(裝甲菌綱 · 土壤胞菌綱) · 嗜熱絲菌門 · 產金菌門 · 脫鐵桿菌門 · 網團菌門 · 迷蹤菌門 · 梭桿菌門 · 芽單胞菌門 · 硝化螺旋菌門 · 互養菌門 革蘭氏陽性菌/ 無細菌外膜 厚壁菌門 (伯杰氏系統細菌學手冊) 芽孢桿菌綱 芽孢桿菌目 · 乳桿菌目 梭菌綱 梭菌綱 · 鹽厭氧菌目 · 熱厭氧桿菌目 · 鹽堿厭氧菌目 丹毒桿菌綱 丹毒桿菌目 熱石桿菌綱 熱石桿菌目 柔膜菌門/ 柔膜菌綱 支原體目 · 蟲原體目 · 厭氧原體目 · 無膽甾原體目 · 嗜鹽體目 反壁菌綱 彎月單胞菌目 放線菌門/ 放線菌綱 (伯杰氏系統細菌學手冊) 放線菌亞綱 放線菌目 · 雙歧桿菌目 酸微菌亞綱 酸微菌目 紅蝽菌亞綱 紅蝽菌目 腈裂解菌亞綱 厄澤比氏菌目 · 腈裂解菌目 紅色桿菌亞綱 蓋亞菌目 · 紅色桿菌目 · 棲熱嗜獅菌目 · 土壤紅色桿菌目