一個健康人同在其身體的特別部位上固定的正常微生物群協(xié)調(diào)地共同生活。這種占據(jù)在人體特定部位的正常菌群，被稱為常住菌群。不僅不引起疾病，常住菌通常還保護人體免受病原菌的侵犯。如果這種協(xié)調(diào)被打亂，常住菌能努力重建其自身的位置定殖。微生物定殖在宿主數(shù)小時或數(shù)周而不能永久性定居者，稱為暫住菌。
環(huán)境因素——如膳食、環(huán)境狀況、空氣污染和衛(wèi)生習(xí)慣可影響一些菌種成為人體常住菌。例如，乳酸桿菌是攝入大量乳制品的人腸道中普遍生活的常住菌，而流感嗜血桿菌則通常定植在有慢性阻塞性肺疾患病人的氣道。
在某種情況下，作為機體常住菌的一些微生物亦可引起疾病，如化膿性鏈球菌可以寄居在咽喉部而不引起危害，但當(dāng)機體防御能力減弱或鏈球菌為特別的毒株，它就可引起鏈球菌咽峽炎（喉部感染）。類似地另外的一些常住菌亦可因宿主的防御屏障被破壞而得以侵犯機體引起疾病。例如，患有結(jié)腸癌的病人，就易于受到正常生活在腸道的細菌的侵犯，這些微生物能經(jīng)血播散和感染心臟瓣膜。接觸大劑量的射線亦能引起這些微生物侵入機體并引起全身性感染。
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